ภาษามลายูกลายเป็นภาษากลางสำหรับการสื่อสารไปมา (Lingua franca) ของผู้คนในดินแดนภาคพื้นสมุทรของเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ สืบเนื่องจากการเป็นศูนย์กลางการค้าเครื่องเทศของมะละกา พร้อมๆกับการเป็นศูนย์กลางแผ่ขยายของอิสลามในเอเซียตะวันออกเฉียงใต้
เมื่อชาติตะวันตกเข้ามาล่าอาณานิคมรวมถึงยึดมะละกาได้ จึงใช้ภาษามลายูเป็นหลักในการสื่อสาร เช่นกรณีที่โปรตุเกสต้องการสื่อสารกับอยุธยา ก็จะแปลจากโปรตุเกสเป็นภาษามลายู แล้วให้พ่อค้ามลายูแปลเป็นภาษาไทยอีกทอดหนึ่ง
ภาษามลายูตลาด (Melayu Bazar)ซึ่งเป็นภาษาที่ใช้กันในตลาดซื้อขายและตามท่าเรือในกลุ่มเกาะอินโดนีเซียนี่เองเป็นที่มาของภาษาอินโดเนเซียในปัจจุบัน
เดิมทีนั้นภาษามลายูเขียนด้วยตัวอักษรอาหรับ เรียกว่าตัวอักษร Jawi มาในยุคอาณานิคม อังกฤษและฮอลันดาได้เปลี่ยนไปใช้ตัวอักษรละติน เรียกว่าตัวอักษร Rumi ยกเว้นในปัตตานีที่ยังใช้ Jawi ต่อเนื่องมาจนปัจจุบัน
อย่างไรก็ตาม การกำหนดมาตรฐานสำหรับการพิมพ์ภาษามลายูยาวีในยุคที่การพิมพ์เริ่มต้นขึ้น กลับเป็นบทบาทของชาวปัตตานีโพ้นทะเลที่อาศัยอยู่ในคาบสมุทรอาหรับ
หลังสยามตีปัตตานีแตกในปี 1786 และเหตุการณ์กบฏหัวเมืองมลายูช่วง ค.ศ. 1789-92, 1808, 1831-2 และ 1838 มีชาวปัตตานีจำนวนมากหนีภัยสงครามไปยังดินแดนต่างๆในคาบสมุทรมลายู หมู่เกาะอินโดเนเซีย ประชาชนบางส่วนเลือกที่จะอพยพไปไกลถึงนครเมกกะในคาบสมุทรอาหรับ หนึ่งในนั้นคือนักปราชญ์ที่ชื่อชัยค์ดาวูด อัลฟาตอนี (อัลฟะตอนี = ชาวปาตานี) เป็นเหมือนจุดเริ่มต้นของการเกิดสำนักคิดปาตานีของชัยค์ดาวูด ที่เมกกะ เขาเขียนตำราทางศาสนาจำนวนมากและมีลูกศิษย์ลูกหามากมายทั้งจากปัตตานีและเมืองมลายูอื่นๆจนกลายเป็นเครือข่ายนักวิชาการศาสนา ที่กลับมาเปิดปอเนาะเรียนศาสนากระจายไปทั่วเอเซียตะวันออกเฉียงใต้ เครือข่ายชาวปัตตานีโพ้นทะเลที่นั่นอาศัยโรงพิมพ์ของออตโตมันในเมกกะในการจัดพิมพ์ตำราศาสนา ภาษาศาสตร์และอื่นๆ จนกลายเป็นมาตรฐานของการเขียนภาษามลายูคลาสสิก ก่อนที่จะมีโรงพิมพ์เกิดขึ้นที่ปีนังและสิงค์โปร์
การเรียนการสอนผ่านตำราของชัยค์ดาวูดและเหล่าสานุศิษย์ที่พิมพ์จากโรงพิมพ์เหล่านี้เอง ที่กำหนดเอกลักษณ์เฉพาะสำหรับอิสลามในเอเซียตะวันออกเฉียงใต้ (textual turn) ทั้งลักษณะจารีตประเพณีในพิธีกรรมศาสนา หรืออย่างน้อยที่สุดก็สังกัดมัซฮับชาฟิอี (หนึ่งในสี่สำนักคิดทางศาสนาของอิสลาม) ตั้งแต่ชุมชนมุสลิมในกรุงเทพ จามในกัมพูชา คาบสมุทรมลายูไปจนถึงหมู่เกาะต่างๆของอินโดเนเซีย
บทบาทของชาวปัตตานีโพ้นทะเลค่อยๆหมดไป หลังการก่อตั้งประเทศซาอุดิอราเบีย ซึ่งจำกัดการเรียนการสอนในเมกกะให้เป็นวะฮาบีเท่านั้น
ตำราของชัยค์ดาวูดเล่มนี้พิมพ์ที่โรงพิมพ์ของออตโตมันในเมกกะ ระบุปีที่พิมพ์ ฮ.ศ. 1330 (ราวปี ค.ศ. 1911-1912)
รายการหนังสือภาษามลายูที่มีขายที่ร้านหนังสืออัลฟะตอนิยะห์ เมกกะ ราวร้อยปีที่แล้ว